Hay expresiones que han sido cristalizadas por el uso y por eso no nos detenemos a pensar en su sentido.
La frase «totalmente gratuito/a» se compone de un adjetivo (gratuito/a) y un adverbio que lo modifica (totalmente). Por definición, totalmente significa 'enteramente, del todo', mientras que gratuito, implica que algo no cuesta dinero, o que se consigue sin pagar.
En este caso, no existen las medias tintas: cuando algo posee la calidad de gratuito, es porque no pagamos nada para conseguirlo. No tiene sentido, entonces, decir que algo es «totalmente gratuito». Alcanza con decir «gratuito».