Según la Fundéu BBAV estas locuciones no deben confundirse.
A cuenta de significa 'en compensación, anticipo o a cambio de': «Está gastando a cuenta de su futura herencia». También significa 'con motivo de o a propósito de': «Tiene ingresos a cuenta del trabajo personal».
Por cuenta de significa 'en nombre de alguien o algo, o a su costo' y va siempre acompañada por un sustantivo que indica o implica persona como en «Lo compra por cuenta de su empresa».
Por lo tanto, es incorrecto cuando se confunden las dos locuciones como ocurre muy a menudo: «Gastos a cuenta del comprador de la vivienda» en el que lo correcto sería «Gastos por cuenta del comprador de la vivienda».