Cuando daba clases de español para extranjeros siempre me preguntaban si estas dos formas del pretérito imperfecto del subjuntivo eran intercambiables. La respuesta es sí, pero existen excepciones (¡la nuestra es una lengua llena de casos especiales!).
«Si tuviera/tuviese más tiempo, haría más ejercicio».
Cuando se busca indicar que una acción es anterior, simultánea o posterior a otra que sucede en el pasado, el uso es indistinto:
«Tal vez tuviera/tuviese trabajo atrasado». «Le pedí que me tuviera/tuviese en cuenta». «Le deseó que tuviera/tuviese un buen viaje».
Lo mismo ocurre en oraciones que expresan condiciones:
«Si tuviera/tuviese más tiempo, haría más ejercicio».
Sin embargo, existen otros usos bastante específicos en que esta alternancia no es viable. Por ejemplo, cuando este tiempo verbal se usa para expresar cortesía con el verbo querer o para aconsejar con deber:
«Quisiera un kilo de manzanas, por favor». Reemplazable por querría, pero no por *quisiese
«Debieras dormir más». Reemplazable por deberías, pero no por *debieses
Podría reseñar otros casos en los que no hay doble opción, pero estos son los más habituales.